据了解，张謇列出七条简章，规定凡进出博物苑，须持有“博物苑观览证”。这被看做是“中国博物馆门票始祖”。“观览证”分发给相关学校和团体，如果损坏公物，由同来的班长责成本人赔偿;如果包庇，将停止给该处发证一月。以此来对文明行为进行规范和引导。
南通博物苑副苑长金艳告诉记者，目前，博物苑有藏品5万余件，分历史文物、民俗品物和自然标本，其中以反映地方历史的文物最具特色。苑史文物是博物苑的特色收藏之一，张謇建苑时的部分藏品、文献史料，亦是中国博物馆史的珍贵史料。1973年，南通市出土的晚唐—五代时期南方越窑烧制的青瓷皮囊式壶，为珍贵的秘色瓷，被视为镇苑之宝。1976年前后，位于南通地区北边的海安青墩发现了一处新石器时代遗址，将南通的历史前推了5000多年。遗址中出土的珍贵文物目前都收藏在苑内。此外，著名刺绣艺术家沈寿开创的“仿真绣”刺绣作品、反映南通地区近现代历史的革命文物史料也是博物苑的特色藏品。
“博物苑免费开放走在全国前列。”周昶介绍，目前，参观者可以在新展馆看到三个基本陈列：《江海古韵——南通古代文明陈列》《南通博物苑精品文物陈列》《江海鲸类生物资源专题陈列》，反映了南通的自然、历史概貌。张謇时期的老建筑南馆展出的《博物情怀——南通博物苑苑史暨早期藏品展》，中馆展出的《致敬苑丁——孙钺生平事迹展》，介绍了博物苑早期的基本情况。濠南别业展出的《中国早期现代化的先驱——张謇》，则述说着张謇在南通经营的各项事业。此外，博物苑平均每年举办临时展览约20个。
1912年的一天，一位参观者在博物苑中折了牡丹花，管理人员见状上前阻止，双方发生争执。张謇遂写了一个通告立于花坛边，责备参观者不服从管理，却招致了更大的冲突。无奈之下，张謇挂出“暂停开放”的牌子。
不久，张謇经过思考，在当地的报纸上刊登了《博物苑观览简章》，里面说道：“有随意攀折花木者，有摇动叠石者，有坐剥亭柱者，有行走不循正路践伤花草者，有蹋墙攀窗者，有率引无意识之男女成群闯入不受园丁请问姓名来历者，甚有殴扑请问之园丁者。种种无礼，令人叹恨……闻之西人游日本公园者，见禁止攀折花木之令，嗤为日本一般人民公德太薄，泰西不如此。今以本苑现状观之，乃更下于日本甚矣，可愧也。”
苑内自然类藏品总计6000余件，以南通自然资源的标本为主，也收藏国家珍贵的岩矿石、动植物化石等自然标本。
如今，在风光秀丽、气象一新的濠河之畔，在一代代参观者的脚步所至和目光所及中，张謇咏叹的“濠南苑囿郁璘彬，风物骈骈与岁新”，得到了真实的体现。
张謇执意创办博物馆，与他“教育救国”的理念密切相关。他认为，博物馆具有利用实物来培养人才的作用。因此，教育功能在博物苑的建设中得到最充分的体现。在当时，博物苑还起着引导文明、倡导公德的作用，一定程度上推进了当地文明和现代化的进程。
