从1933年起，这批文物陆续经铁路从北京迁往南京和上海。然而存放在南京和上海的古物登记整理工作尚未完成，便爆发了卢沟桥事变，继而八一三事变上海烽火再起，日本飞机甚至已经飞临南京城头肆意轰炸，这使得刚刚被安置下来的国宝转移又迫在眉睫，当时的故宫博物院院长马衡连忙再安排文物西迁内地，经过故宫工作人员不断地研究和商讨决定分南、北、中三路出发。1939年底，经过一年多的辗转运输，三批文物终于被妥善安置在祖国内地的各个角落。在寻觅选定安全地点中，马衡都亲临现场勘察，反复权衡，才做出最后决定。
根据文献记载和相关研究，抗战期间故宫的情况是比较清楚的。七七事变爆发之前，为了使故宫文物免遭战火毁灭或被日本帝国主义掠夺，故宫博物院决定采取文物避敌南迁之策，大部分精品文物已经迁出、转移，留存的文物在后来也未受到严重破坏。
故宫的同人竭尽全力把20余万件文物搬迁存放到安全地带，直到抗战胜利，这20余万件国宝无一受损，无一失落，无一被盗，全部安然返回南京。而在古物于重庆集结时，马衡便提议直接运回北平，然而这个建议并没有被国民政府采纳，这也成了马衡平生的憾事之一。
故宫博物院先后进行过五次文物南迁，实行文物的“战略大转移”。1933年2月至5月，宫内重要文物被装成13427箱又64包，分五批先运抵上海，后又运至南京。1937年淞沪会战爆发，南迁文物又沿三路辗转迁徙至四川，分别存于四川省的巴县、峨眉和乐山。抗日战争胜利后，三处文物复归于重庆，于1947年运回南京。
在那严酷的战争环境中，恶劣的自然条件下，任务艰巨，时间紧迫，交通困难，沿途还要经常受到日军飞机的轰炸威胁，“其仓皇急遽，如救焚拯溺，呼吸之际，间不容发”。马衡自己也说：“那一年，乐山泸县皆受到燃烧弹的轰炸，都烧了小半个城。独有这宜宾没有受到轰炸。还有长沙湖南大学的图书馆，在我们搬出以后，不到四个月，被炸毁了。重庆的几个仓库，在搬出不到一个月，那空房也被炸了。南郑的文庙，目标甚大，南郑成都的距离又远，又要翻过剑门关等险道，看来是来不及搬完了。我就在中途的广元，借了一个庙，设一个腰站。将南郑文庙的存物，先抢运出来。运完才十二天，那文庙在一天里聚落了七个炸弹，又炸的是空房。像这一类的奇迹，简直没有法子解释，只有归功于国家的福命了。”
