2014年6月，该遗址被发现后，随着考古工作的深入，考古人员在上清宫区域外围安装了铁围栏，并在围栏上悬挂了警示标语，确保考古发掘不受外界的干扰。同时也对遗址重要区域进行必要的隔离保护。大上清宫遗址设立了专门的文物库房及临时展厅，根据文物出土地点进行编号，登记，装袋，贴标上架，对文物进行系统归类管理，做好日常的维护工作。
大上清宫遗址是我国迄今为止发掘的宋代以来规模最大、等级最高、揭露地层关系最清晰、出土遗迹最丰富的具有皇家宫观特色的道教遗址。江西鹰潭首次对外发布大上清宫考古发掘成果。道教千年祖庭基址重现，是我国宗教考古的一次重大突破。
江西省文物考古研究院和鹰潭市博物馆迅速对现场展开及时有效的保护，为科学、准确获取考古信息，考古人员使用了大量的科技考古手段：比如从考古发掘初即使用考古测量仪APP中的考古放样功能与配套的RTK载波相位观测值的实时动态定位技术联合作业，实现了快速、精准布方；利用RTK、无人机航拍技术及数码相机对遗迹、遗物的地理信息数据与影像数据进行采集，利用考古工地数字化管理平台及移动APP进行现场记录与系统管理等等。依托这些科技考古手段在田野考古发掘中的综合运用，使得发掘过程更高效、成果输出更快捷、成果展示更全面。
大上清宫遗址是我国迄今为止发掘的宋代以来规模最大、等级最高、揭露地层关系最清晰、出土遗迹最丰富的具有皇家宫观特色的道教遗址。江西鹰潭首次对外发布大上清宫考古发掘成果。道教千年祖庭基址重现，是我国宗教考古的一次重大突破。
江西省文物考古研究院和鹰潭市博物馆迅速对现场展开及时有效的保护，为科学、准确获取考古信息，考古人员使用了大量的科技考古手段：比如从考古发掘初即使用考古测量仪APP中的考古放样功能与配套的RTK载波相位观测值的实时动态定位技术联合作业，实现了快速、精准布方；利用RTK、无人机航拍技术及数码相机对遗迹、遗物的地理信息数据与影像数据进行采集，利用考古工地数字化管理平台及移动APP进行现场记录与系统管理等等。依托这些科技考古手段在田野考古发掘中的综合运用，使得发掘过程更高效、成果输出更快捷、成果展示更全面。
在制定系统长远的保护规划上，2017年，清华大学建筑设计研究院为遗址做了龙虎山大上清宫遗址保护性设施建设工程设计方案，对已揭露的约5000平方米的范围进行保护大棚搭建保护，设计突破原有保护棚的概念，结合遗址布局，建筑风格，引入道教元素，借助现代表现手法，对上清宫遗址进行保护性的建设。为今后打造大上清宫遗址公园，奠定良好的遗迹和文化基础。
在大上清宫遗址里，考古人员发现了包括阁1处、殿6处、门1处、院落2处、碑亭2处、厢房22间、取水槽2条等在内的大量遗迹点。江西省文物考古研究院院长徐长青介绍，在目前道教遗址中，如此丰富的遗存现象是几乎没有的”大上清宫遗址丰富的遗存资源显示，它是一座融合南北建筑风格，兼具民间与官式建筑规制的宗教建筑。其总平面布局既有北方的建筑特点，又有南方的艺术风格，既有民间的喜好风俗，又采用官式的建造法式，例如遗址庭院内大面积铺设鹅卵石，这在北方官式建筑中极为罕见，而遗址中主体建筑墙体厚60~90厘米，这是典型的北方风格，南方不见。残存的构件和构造做法也表现出官式做法与当地民间传统工艺的结合。徐长青指出，总的来说，大上清宫遗址无论从规模、等级，还是遗存、时代传承，在我国都是不可多得的宝贵文化遗产。
根据考古勘探初步推断，大上清宫遗址占地面积30余万平方米（目前已探明18万平方米范围）。这在全国道教宫观建筑中，规模首屈一指，相当于北京故宫的一半。 考古人员的精心发掘，将大上清宫遗址里宋、元、明、清的地层全部揭露出来，地层叠压关系非常明晰；清理出的各时期遗迹、遗物，也基本将遗址内主体建筑空间关系梳理清楚。从遗址的地层堆积以及遗迹的分布情况，考古反映出大上清宫由肇始到发展、兴废的过程，揭露出各个时期连续不断的历史演变脉络，印证了历代文献记载的有关史实。
根据考古勘探初步推断，大上清宫遗址占地面积30余万平方米（目前已探明18万平方米范围）。这在全国道教宫观建筑中，规模首屈一指，相当于北京故宫的一半。 考古人员的精心发掘，将大上清宫遗址里宋、元、明、清的地层全部揭露出来，地层叠压关系非常明晰；清理出的各时期遗迹、遗物，也基本将遗址内主体建筑空间关系梳理清楚。从遗址的地层堆积以及遗迹的分布情况，考古反映出大上清宫由肇始到发展、兴废的过程，揭露出各个时期连续不断的历史演变脉络，印证了历代文献记载的有关史实。
