预防性保护作为一种以研究为基础的保护，不同于工程性的物化保护，即本质可逆。在具体的保护过程中，也对工程技术人员的素质提出了新的挑战。对于像敦煌石窟这样的文物保护，往往存在诸如地震、沙尘暴、旅游、崖体坍塌、环境污染等风险因素，甚至旺季时过量的游客参观也会造成一些洞窟长期得不到休养。王旭东认为，类似气象监测、崖体监测、安防监测等监测预警系统这样设计施工一体化、带有研究性的文物保护，其实就是用最小的投入来发挥非常大的作用。
针对这样事关重建与保护之间的矛盾，国家文物局副局长宋新潮也表示，古村落保护有的时候的确会陷入两难之地，比如在解决地方电、水、取暖等基础性问题时会有很多取舍，但文物保护在某种程度上也是一个选择的平衡，任何事情都需要一个灵活的方式来解决。
“十三五”时期，国家文物局提出，将推动文物保护实现“两个转变”：由注重抢救性保护向抢救性与预防性保护并重转变，由注重文物本体保护向文物本体与周边环境、文化生态的整体保护转变，确保文物安全。
目前，部分地区在城镇化过程中，尤其是偏远农村尚缺乏基层文物保护力量以及相关意识，不免存在破坏文物、破坏文物景观的现象，推土机下掩埋的历史文化遗产可以说不计其数。
