依据地层叠压关系及遗物特征，南山遗址史前堆积可划分为5个文化期，年代为距今5800-3500年。第一期至第三期文化仅分布于洞穴，第四期至第五期文化主要分布于山顶发掘区，4号洞有少量分布。
作为典型的洞穴遗址，南山遗址浮选出土了数量异常丰富的农作物遗存以及相关的农田杂草遗存，为古代穴居人群的生业形态的研究提出了新的问题。南山遗址出土的水稻是目前在武夷山东麓地区发现的最早的水稻遗存；出土的粟和黍两种小米是目前在整个华南地区，包括岭南地区和武夷山脉以东地区发现的最早的小米遗存，这为探讨华南沿海地区的稻作农业特别是粟作农业的来源问题提供了关键的考古实物证据和新的线索。丰富的植物遗存为开展史前人类资源利用行为研究、植物栽培、演化、传播研究提供了极为丰富的材料。
南山遗址年代跨度大，文化堆积保存完整、连续，文化面貌独特，如独具特色的文化遗物，如具有一组区域特色的陶器器物群，尤以磨光黑陶和饰以多样纹饰的磨光白陶特征鲜明。填补了闽西北地区新石器时代中、晚期至青铜时代考古学文化谱系的缺环与空白，具有标杆性的意义。第五期遗存中含大量黑衣陶、具有闽江下游黄土仑类型的刻划纹灰色硬陶、以及少量彩陶等，其年代明显早于黄土仑文化，这为广泛分布于闽江下游的黄土仑文化来源提出了全新的思考方向。
因之前三次试掘面积较小，文化层揭露不完整，遗址整体文化面貌不清。2012年-2017年，经国家文物局批准，中国社会科学院考古研究所、福建博物院、明溪县博物馆组成联合考古队，对南山遗址进行正式考古发掘。发掘重点区域为遗址的山顶区域、4号洞及3号洞，发掘面积约450平方米，取得重大学术收获。
遗址出土人骨体质人类学特征与福建漳平奇和洞遗址、广东鲤鱼墩贝丘遗址、连江亮岛人以及泰国、越南等类似遗址中的特征相似。人骨同位素研究结果表明，当时人的食物同时包括了C3类谷物水稻和C4类谷物粟和黍两种小米，含一定的食肉成分。
南山遗址位于福建省三明市明溪县城关乡上坊村北约300米的狮子山。该遗址发现于1986年。1988年、2005年、2006年，福建省博物馆（现福建博物院）联合地方单位，对南山遗址3号洞、4号洞及山顶区域进行过3次小规模考古试掘。
作为典型的洞穴遗址，南山遗址浮选出土了数量异常丰富的农作物遗存以及相关的农田杂草遗存，为古代穴居人群的生业形态的研究提出了新的问题。南山遗址出土的水稻是目前在武夷山东麓地区发现的最早的水稻遗存；出土的粟和黍两种小米是目前在整个华南地区，包括岭南地区和武夷山脉以东地区发现的最早的小米遗存，这为探讨华南沿海地区的稻作农业特别是粟作农业的来源问题提供了关键的考古实物证据和新的线索。丰富的植物遗存为开展史前人类资源利用行为研究、植物栽培、演化、传播研究提供了极为丰富的材料。
南山遗址年代跨度大，文化堆积保存完整、连续，文化面貌独特，如独具特色的文化遗物，如具有一组区域特色的陶器器物群，尤以磨光黑陶和饰以多样纹饰的磨光白陶特征鲜明。填补了闽西北地区新石器时代中、晚期至青铜时代考古学文化谱系的缺环与空白，具有标杆性的意义。第五期遗存中含大量黑衣陶、具有闽江下游黄土仑类型的刻划纹灰色硬陶、以及少量彩陶等，其年代明显早于黄土仑文化，这为广泛分布于闽江下游的黄土仑文化来源提出了全新的思考方向。
因之前三次试掘面积较小，文化层揭露不完整，遗址整体文化面貌不清。2012年-2017年，经国家文物局批准，中国社会科学院考古研究所、福建博物院、明溪县博物馆组成联合考古队，对南山遗址进行正式考古发掘。发掘重点区域为遗址的山顶区域、4号洞及3号洞，发掘面积约450平方米，取得重大学术收获。
遗址出土人骨体质人类学特征与福建漳平奇和洞遗址、广东鲤鱼墩贝丘遗址、连江亮岛人以及泰国、越南等类似遗址中的特征相似。人骨同位素研究结果表明，当时人的食物同时包括了C3类谷物水稻和C4类谷物粟和黍两种小米，含一定的食肉成分。
南山遗址位于福建省三明市明溪县城关乡上坊村北约300米的狮子山。该遗址发现于1986年。1988年、2005年、2006年，福建省博物馆（现福建博物院）联合地方单位，对南山遗址3号洞、4号洞及山顶区域进行过3次小规模考古试掘。
山顶发掘区发现福建省内迄今最早的蓄水池遗迹、大量柱洞、灰坑，反映了当时山顶生活的史前人群规模。主要居住区由洞穴向山顶的转变，也展现出南山先民独特的山顶、洞穴相结合的空间利用特征。
南山遗址考古工作的重大收获，对构建闽西北地区新石器时代考古学文化序列具有重要意义，对探讨福建青铜时代考古学文化的来源提出了新的思考方向，也为探讨史前人类行为模式、生业形态、人类活动、种群迁徙与交流、闽台史前文化渊源关系，以及南岛语族的起源与扩散等重要学术问题，提供了新的极为珍贵的资料
狮子山为明溪盆地中凸起的石灰岩山丘，山体相对高度约70米，西、南两侧各有小溪、河流。南山遗址由山南侧山脚处的1～4号洞穴和山顶区域构成，总面积约18万平方米。发掘以精细、精致、规范为原则，对发掘的所有文化堆积进行筛选和浮选，并对相关地层和遗物采样，运用沉积学、古环境学、碳十四测年、古DNA测试、同位素分析等科技考古手段进行分析多学科综合研究。经发掘，确定3号洞、4号洞埋藏有文化堆积。发掘面积约40平方米。3号洞文化堆积厚度1.6米，4号洞文化堆积厚达4米。山顶发掘面积400平方米，文化堆积平均厚度1.5米。
